Em 1986, dois fatores proporcionaram uma expansão das ideias, a melhoria na qualificação dos docentes e o alto nível técnico-científico dos TGs durante o transcorrer de quase uma década. Este aumento na qualificação dos docentes deveu-se a uma política iniciada no final da década de 70, que visava elevar o nível dos cursos a um patamar condizente com os planos de Pesquisa e Desenvolvimento discutidos na época. Assim, foi possível reunir um Grupo de profissionais, formado pelo que existia de melhor no setor técnico-científico na região.

Nessa época, foi instituída uma premiação para aqueles trabalhos de maior destaque, que foram submetidos à publicação em diversas revistas nacionais e internacionais.

Em setembro de 1986, no Departamento de Engenharia Elétrica, que detinha a maior concentração de profissionais titulados de toda Univap, mais de 80%, tomava corpo finalmente a ideia de pesquisa e desenvolvimento dentro de uma entidade não-governamental em São José dos Campos. Aliando-se a isto, observou-se uma maior interação com a comunidade da região, através da prestação de serviços, enquanto que era reforçada a ideia de formação de recursos humanos mediante programas de Pós-Graduação e Especialização.

Foi estabelecido, dentro do Departamento de Engenharia Elétrica da Fundação Valeparaibana de Ensino, o primeiro laboratório de pesquisa desta Instituição: O LOpE - Laboratório de Laser e Optoeletrônica. Paralelamente se observava o avanço nas interações com o Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais, dando origem a formação de outro Grupo de Pesquisa, denominado de Lab-Geo, que estava envolvido fundamentalmente com sensoriamento remoto e geoprocessamento. 

Em agosto de 1987, o Conselho de Ensino e Pesquisa recomendou a criação do Programa de Formação de Recursos Humanos e Fomento à Pesquisa, que resultou na criação, pelo Presidente da FVE, do NURHP - Núcleo de Recursos Humanos e Fomento à Pesquisa.

As atividades de Pós-Graduação e Extensão das Faculdades Integradas de São José dos Campos foram inseridas no novo Núcleo, que passou a organizar tanto as atividades de pesquisa e desenvolvimento como os de educação continuada. Na parte de P&D, o NURHP promoveu a implantação definitiva dos Grupo de Laser e Optoeletrônica assim como de Geoprocessamento, e do curso de Fundamentos de Engenharia Ótica em nível de Lato Sensu.

Posteriormente, em 1992, a Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação da Univap consolidou o trabalho de implementação de cursos realizados pelo NURHP e ampliou este trabalho no sentido de se implantar cursos em nível de mestrado (Stricto Sensu).

Em 1993, considerando a consolidação do LOpE e do Lab-Geo e, a necessidade de implantar cursos de Pós-Graduação em nível Stricto Sensu, a Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação da Univap encaminhou ao Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão (CEPE) o processo para a criação de curso, em nível de mestrado. O CEPE aprovou a solicitação da Pró-Reitoria e o curso começou a ser oferecido em nível experimental por um ano.

Em 1994, a Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação submeteu, ao então denominado Grupo Técnico Consultivo da CAPES, o recém-criado Curso de Pós-Graduação em Engenharia Elétrica, área de Lasers e Instru-mentação Optoeletrônica. O GTC analisou a proposta e fez diversas sugestões, uma delas de que a área de Optoeletrônica já estava sendo desenvolvida em órgãos sediados na mesma cidade da Univap, sugerindo estão que fosse efetuada uma mudança de orientação nas nossas pesquisas. Considerando estas sugestões e analisando a capacidade instalada na Univap em termos de recursos humanos e materiais, a Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação sugeriu a alteração da linha de pesquisa do LOpE de Laser e Optoeletrônica para Engenharia Biomédica e Lasers. Esta linha de pesquisa não encontrava similar na região e, mesmo em nível nacional, apresentava carência de Grupos constituídos.

Em março de 1995 foi criado o CEPEDEX, Centro de Pesquisa e Extensão da Univap, com a finalidade de desenvolver as atividades ligadas à Pesquisa e Desenvolvimento dentro da Universidade. O intercâmbio com entidades estrangeiras foi fortalecido com diversos pesquisadores de renome mundial visitando o novo Centro se mostrando entusiasmado com os trabalhos que ali estavam sendo executados.

Em junho de 1996, o Conselho Universitário criou um novo Instituto dentro da Univap, o seu quinto Instituto, o Instituto de Pesquisa e Desenvolvimento - IP&D. O novo Instituto substituiu o Centro de Pesquisa, Desenvolvimento e Extensão e, em 1998, o novo Regimento da Univap transformou todos os Institutos da Universidade em Faculdades, ficando o Instituto de Pesquisa e Desenvolvimento como sendo o único órgão dentro da Univap onde seriam realizadas as atividades de pesquisas e desenvolvimentos. Este Instituto consolidou a pesquisa na Univap em três grandes áreas e hoje conta com 22 Grupos de Pesquisas constituídos por pesquisadores doutores em regime de tempo integral na Univap.