O Centro de Estudos da Natureza (CEN) é um espaço amplo composto por áreas ao ar livre, onde encontra-se a horta da FVE, árvores frutíferas e onde existe um complexo pedagógico-científico formado por prédios que albergam salas de aula, auditório, laboratórios multidisciplinares, o borboletário, o viveiro de plantas medicinais, o museu pedagógico e o Centro de Reabilitação de Animais Silvestres (CRAS).

O espaço pertence ao curso de Ciências Biológicas, oferecido nas modalidades Bacharelado e Licenciatura, e é dedicado à observação e ao estudo das plantas e animais silvestres, promovendo a interatividade entre discentes e docentes para a pesquisa da vida em sua totalidade.

É no CEN que ocorrem mais de 80% das aulas teóricas e práticas do curso de Ciências Biológicas, envolvendo importantes pesquisas para a conservação e preservação das espécies.

Vários projetos são desenvolvidos no CEN, promovendo a interação dos alunos com a comunidade, o desenvolvimento da pesquisa científica e de uma mentalidade voltada para a necessidade da preservação. Professores de diversas áreas, estagiários e monitores do curso de Ciências Biológicas da Faculdade de Educação e Artes da Univap trabalham com objetivos específicos, num ambiente privilegiado: uma antiga fazenda, próxima do rio Paraíba do Sul e cercada de áreas verdes. Boa parte das pesquisas é possível graças ao aproveitamento destes recursos, permitindo um estreito contato com animais e plantas típicas da região do Vale do Paraíba. O resultado dessa combinação de pesquisa e consciência ecológica é a preservação da natureza.