A Reitoria é o órgão executivo superior da tríplice-função da Univap (ensino, pesquisa e extensão) em todos os níveis. Coordena e fiscaliza as atividades desenvolvidas na Universidade.
São órgãos da Reitoria:
• Gabinete do Reitor
• Pró-Reitorias
• Diretorias Acadêmicas das Faculdades; IP&D - Instituto de Pesquisa e Desenvolvimento
• Órgãos Suplementares (Univap Virtual; Biblioteca; Secretaria Geral; Ouvidoria e EPP - Escritório de Projetos e Pesquisas)
O Reitor e o Vice-Reitor da Univap são eleitos pelo Conselho Curador, órgão máximo da Fundação Valeparaibana de Ensino, mantenedora da Universidade. A eleição ocorre por voto secreto e sem identificação, por maioria simples, para mandato de 4 (quatro) anos, permitida uma única recondução sucessiva.
A eleição ocorre por intermédio de uma lista tríplice encaminhada pelo Conselho Máximo da Universidade, denominado Conselho de Integração Universidade-Sociedade (CIUS), que antes desse processo, realiza um eleição envolvendo toda a comunidade acadêmica, onde candidatos são escolhidos, neste primeiro momento, por representantes do Corpo Discente, Corpo Docente e Corpo Técnico-Administrativo.